一是干涉承包方的经营权、自主权，如有些发包方强令承包方搞样板田，种植农民不愿种植的作物，否则即将承包方自主种植的作物予以铲除等。
二是发包方非法变更或解除合同，单方收回土地或将承包土地部分发包于第三人。有些村干部看到原来订立的农业承包合同收取的承包费较低，而如果按现在的市场行情重新发包将会获取更大的利益，于是在利益驱动及其他因素的影响下，发包方起诉承包方要求变更、解除合同，承包人则不同意变更、解除合同，就引起纠纷。
三是强迫或阻碍土地承包经营权的流转或侵犯妇女的合法承包权。
四是没有按合同约定交付承包地。
（四）因征地补偿费问题而引发纠纷
因承包土地被征用，承包方不接受补偿方案而引发纠纷。农业承包合同履行期限一般较长，承包人为了生产经营的需要，一般要进行一定的先期投入。在承包期内，因工业占地或其他项目征地，承包合同需要解除。承包合同解除后，承包方与发包方就补偿问题达不成协议就会引发纠纷。
（五）因合同解除后对承包方的补偿问题而引发纠纷
因合同到期，合同按约定解除，但由于承包方在承包期内对承包地进行了较大的投资，使原承包地的使用价值及其后的可得利益有了较大的提高，承包方要求发包方给予相应补偿，发包方不予认可或双方协议未果就往往引发纠纷。
二、土地承包经营合同及土地承包经营权的性质
正确审理土地承包合同纠纷案件，必须明确土地承包经营合同的性质以及土地承包经营权的特殊性质，否则在法律的适用上就不会得当。农村土地承包经营合同是一种前所未有的、非常特殊的合同，它既有民事合同的法律特征，也有行政合同的某些特征，还有与经济合同相同的特点，我们很难将其归入这三类合同中的任何一类。比如，承包方的生产经营和销售大都听命于上级行政指令，村集体认为必要时可以单方面变更或解除合同，而承包方一般只能被动地接受等，从这些特点可以看出其具有行政合同特征的一面。从农户获得具有物权性质的承包经营权这一角度看，它的确又是一种设立用益物权的民事合同。从它具有强烈的公法干预色彩来看，与纯粹的民事合同确实有一定差异，不能说它不是“异化的合同”——经济合同。问题的关键是合同各方究竟享有何种具体的权利，我们没有必要简单地从抽象的宏观概念上予以定性，重点应放在合同当事人权利的具体构成上。在这方面，霍菲尔德的法律关系元形式理论值得借鉴。根据该理论，对复杂的、非典型的法律关系进行分析的最好方法就是将其析分为若干最基本的法律关系，就像化学家对化合物进行的元素分析一样。一个法律主体和多个法律主体之间的关系可以化约为若干的法律关系的元形式。尽管该理论中的一些具体的法律概念暂时还很难融入我国的法律体系，但其中将法律关系中的权利看成是权利束——一组权利的集合的方法，具有普遍性，同样可以适用于对我国农村土地承包经营合同的法律分析。
关于农村土地承包经营合同的性质，在学术界存在行政合同说、民事合同说和经济合同说三种不同的观点。行政合同说认为，农民通过与政府签订行政合同获得土地的使用权，在承包期限内获得一定的经营自主权，其收益直接与劳动成果挂钩，政府以行政合同代替行政命令或指令性计划，在农业领域国家管理的方式上，行政合同管理已经占据了主导地位。民事合同说认为，农地承包合同如同企业承包经营合同一样是平等主体间签订的双务、有偿、诺成合同。经济合同说认为，集体土地的承包经营合同是“异化的合同”，即经济合同。经济合同，是指为了实现国家的一定经济目的，直接体现政府意志，由政府规定基本合同条件的合同。
以上三种观点各有立论的根据，似乎是“公说公有理，婆说婆有理”。实际上，之所以对这个问题难以达成一致意见，主要在于论者的思考方式存在重大缺陷：
从农村土地承包经营合同制度的变动历史来看，包产到户是其最早的形态。在这个阶段，虽然承包方有土地的使用权，但年终的收获物全归集体，集体按承包规定和各户的实际产量进行统一分配，农户无权直接在市场交换自己生产的劳动产品，只是集体经济的一个经营层次。农户与集体在组织上的隶属关系决定了农村土地承包经营合同不可能是民事合同，相反使其具有更浓的行政合同或者经济合同色彩。随着农村改革的深入，承包户不再仅仅提供劳力，往往还要自己购买农药、种子、化肥、各种生产工具等物品来满足土地生产经营的需要。相应地，集体组织的角色也发生了转换，除了土地之外，它很少做其他投入，风险的承担者也由发包人转向了承包人。承包人与发包人之间主要不是经营责任问题，而是土地使用关系问题。此时，农村土地承包经营合同已经呈现了明显的民事合同的特点。随后，国家通过陆续出台的政策和制定有关法律、法规逐步强化农户的经营自主权，比如从尊重农户的经营自主权到允许土地使用权的流转，从承包期15年到30年等。由此，可以看出农村土地承包经营合同在民事合同性质方面不断增强的轨迹。
农村土地承包经营权的实质是集体土地使用权。一方面，“承包经营”就其法律上的本来含义，应当是由发包人投资，而由承包人经营；承包土地上的种植物、养殖物和畜牧物等，应当由发包人所有并承担风险，承包人只承担善良管理的债务上的责任。起初，承包经营所需的土地和其他生产资料基本上都由集体提供，承包人付出的基本上只是劳动，这时的承包经营是名副其实的。但是，随着承包经营制的发展，承包的农民在农业生产中的投资份额越来越大，要自行负担种子、化肥和其他生产工具，而集体除了土地外，很少再作其他投入。这种投资角色的转换，实际结果便是承包经营权是有债权之名而行物权之实。事实上，农村承包责任制实行不久后，农民便开始独自拥有承包土地上的种植物、养殖物和畜牧物的所有权，并自行承担风险。这样，农民与集体原承包经营关系已是十足的土地用益物权关系。
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