一切准备就序后，1928年10月13日，殷墟发掘就正式开始了。殷墟考古揭开了中国考古学的序幕，在中国考古史上，具有非常重要的意义。
到1937年6月，因芦沟桥事变，日本悍然发动了侵华战争，殷墟考古被迫停止。从1928年10月至1937年6月，历史语言研究所考古组在殷墟发掘了十五次，河南省图书馆在此发掘了二次。
(二)甲骨学研究的进展
考古发掘的资料，要比那些乱挖乱盗，甚致连出处都说不清收购来的资料更真实可信。就甲骨文来说，发掘过程本身也包含着学者们的细致人微的科学观察与分析，再通过整理与研究，能够发现前人没有注意到也不会注意到的新问题，董作宾先生对甲骨文断代和殷代历法的研究，就超过了前人，把甲骨学推向了一个新的高峰，他的《甲骨文断代研究例》与《殷历谱》都是甲骨学史上划时代的巨著，他之所以能够取得这样的成就，与科学的考古方法是分不开的。
在《甲骨文断代研究例》中，依据世系、称谓、贞人、坑位、方国、人物、事类、文法、字形、书体十项标准，将殷墟出土的甲骨分为五期。一期是盘庚、小辛、小乙、武丁;二期是祖庚、祖甲;三期是廪辛、康丁;四期是武乙、文丁;五期是帝乙、帝辛。这就把十几万片看似零散纷乱的甲骨文有条不紊地划归五个不同的时期，分属于从盘庚到帝辛八代十二王名下，使之各有归属，克服了以往甲骨文研究中的混乱状态。在上述的十项标准中，常用的是世系、称谓、贞人、字形、书体。掌握了这几项标准，遇到了甲骨片，就可以断定这片甲骨属于那个时期的遗物。
世系是商王的世次，也就是先后位次;称谓是占卜的商王对自己亲属的称呼，如“祖丁”、“父甲”、“母癸”之类;贞人是占卜并记事的史官。对于初学者来说，比较容易掌握的是字形和书体，不同的时期，字形和书体的风格是不同的。
把甲骨文的研究与古代社会的研究结合起来，从甲骨文中寻找古代社会制度、社会生活的影子，是甲骨文研究的领域得到了拓展。胡厚宣先生参加了殷墟考古工作，他毕生致力甲骨学，1944年，他出版了《甲骨学商史论丛》，对商代的方国、农业、气侯、婚姻家族、封建制度、天神崇拜等方面进行了专题研究，拓宽了甲骨学研究的领域。用马克思主义的观点和方法来研究甲骨文，是甲骨学的质的飞跃，这是郭沫若对甲骨学的重大贡献。1927年大革命失败后，迫于白色恐怖，郭沫若旅居日本，这时期，他从血与火的斗争中，转向中国古代社会的探索与研究，由此可以看出，郭老的中国史研究是与中国革命的需要密切相关的。郭老紧紧把握住了甲骨文这个“原始细胞”，以甲骨文的构形为基础进出分析，弄清了文字结构变化的规律，从而释读了别人不认识或解释错误的字，根据文字的发展规律，把文字的形、音、义辨证地加以应用，这就大大地提高了文字释读的准确性，然后以字立说，以马史思主义的立场、观点和方法为指导，来研究中国古代社会，取得了举世注目的成果，1930年出版了《中国古代社会研究》，郭老把这部著作看成是恩格斯《家庭私有制和国家的起源》的续篇，书中利用卜辞来阐述古代社会的上层建筑与经济基础，在当时的中外史学界产生了巨大的影响。从二十世纪三十年代到四十年代，是郭沫若甲骨文研究和史学研究的辉煌时期，《卜辞通纂》、《殷契粹编》、《青铜时代》等重要著作就产生于这一时期。
甲骨文研究的纵深阶段
1949年，中华人民共和国成立，新中国为科学事业提供了良好的条件和广阔的前景，运用马克思主义史学观点来指导甲骨文研究，是新时期学术研究的突出特点，新出土的甲骨使各项研究课题更加深化，整理与综合研究获得了丰硕的成果。
新中国成立以后，考古的范围比前扩大了，视野也开阔了，研究的领域更宽更广了，甲骨文的发现仍是这一时期的主要收获。学者们利用这些新出土的甲骨，从甲骨上的钻凿形态方面对甲骨分期提出了新颖的看法。从1899年甲骨发现以来的半个多世纪里，分门别类的研究取得了巨大的成就，这给综合研究打下了良好的基础，1956年陈梦家《殷墟卜辞综述》、1958年日本学者岛邦男《殷墟卜辞研究》相继出版，就属于综合研究的著作。这些著作涉及到了甲骨的出土地点与历史、甲骨的流传与研究状况，以及甲骨文的文字、文法、断代、历法天象、方国地理、政治区域、先公先王、称谓与庙号、亲属与百官、政治与经济等等，阐述了卜辞中的各方面的重要内容，总结了甲骨文发现与研究的成就，为人们认识和研究甲骨学开创了一个新的境界。
早在二十世纪三十年代，胡厚宣先生就注意搜集和统计流散的甲骨，五十年代初，胡先生在《五十年甲骨发现的总结》一书中对已知的甲骨收藏情况作了较为详细的记录，八十年代初，胡先生主编《甲骨文合集》时，责任心和事业心驱使他多方奔告，索隐勾沉，在原有的基础上对甲骨收藏及流传情况进行了更为详尽的统计，据他统计的结果是：
国内收藏：25个省(市、自治区)，40个城市，98个机关单位和47位收藏家，计127904片。
国外收藏依次是：日本12443片，加拿大7802片，英国3355片，美国1882片，西德715片，苏联199片，瑞典100片，瑞士99片，法国64片，新加坡28片，比利时7片，韩国6片。12个国家合计26700片。
国内外合计154604片，这还不包括八十年代以后考古发掘出土的甲骨。
这15万多片甲骨，大部分已被著录，还有一小部分未见著录，流散在国外。已经出版的70多种甲骨著录书，有的因出版时间早，而且印数很少，不易见到;有的印刷不精，拓本漫漶不清，不便查阅;有的良莠不分，真伪难辨，不好利用等等。这就给研究甲骨文和殷商文化带来了困难。随着学术研究的深入，其它学科如医学、农业、天文、地理、生物等都需要利用甲骨文和借鉴甲骨文研究的成果。鉴于此，早在五十年代，郭沫若就想编辑一部《甲骨文合集》来解决学术研究的需要，后来，郭老把这个想法正式向国务院提出来，得到了周恩来总理的热情支持，《甲骨文合集》被列入十二年哲学社会科学发展远景规划
中的大型项目之一，1959年交给中国科学院历史研究所承办，并成立了以郭沫若为主任委员，胡厚宣任总编辑的编辑委员会。不久，“文化大革命”开始，这项工作被迫停止，“文革”结束后，在郭老的亲切关怀下，编辑工作马上得到恢复。1978年10月《甲骨文合集》开始出版，到1982年共出版了13册，这13册中共收录甲骨4万余片。与以往的著录书比较，这部书有以下优点：